Wir haben in den letzten Wochen an einem neuen Release für ImageFlow gearbeitet und jetzt ImageFlow 1.1 fertiggestellt. Alle neuen Funktionalitäten wurden durchgetestet und laufen, man kann neben Bildern und Zahlen auch Stacks verarbeiten und gruppieren. Außerdem gibt es mehr visuelles Feedback in der Benutzeroberfläche und eine ausführliche Dokumentation, damit man auch selber eigene Units oder neue Funktionen entwicklen kann. Ihr könnt wie immer die aktuelle Version für alle Systeme runterladen und sofort ausprobieren oder euch mit den Sources beschäftigen. Rückmeldungen wären natürlich sehr schön. Wer bei meinem Praktikumsvortrag am 13. Oktober in der HTW Berlin dabei ist, wird wahrscheinlich eine kleine Live-Demonstration mit Erklärungen sehen.

Vor einer Woche haben wir unsere Ergebnisse erfolgreich für die Kollegen mit einer Präsentation vorgestellt. Heute war eine letzte Besprechung und ansonsten nur Aufräumen und Verabschieden auf dem Tagesprogramm. Insgesamt war das Praktikum interessant und hat mir Spaß gemacht, ich habe viel gelernt und einige neue Erfahrungen und Erkenntnisse werden mir bestimmt noch in nächster Zeit bewusst werden.

Ich habe ja das letzte Mal darüber geschrieben, dass ich mich mit der Erkennung von Parkinson in Ultraschallbildern beschäftige. Danach habe ich den sogenannten Speckle Reducing Anisotropic Diffusion-Algorithmus auf Java portiert, der dazu dient Ultraschall- und Radarbilder intelligent zu entrauschen. Die Ergebnisse sind besser als bei normalen Median-Filtern, aber noch lange nicht perfekt:

SRAD-Algorithmus

Originalbild

Medianfilter

Seit einigen Wochen sitzten Daniel und ich wieder an ImageFlow. Wir arbeiten an neuen Funktionen wie Loops und Gruppierungen, außerdem kann man neben Bildern auch Zahlenwerte verarbeiten. Mit all diesen Möglichkeiten kann man jetzt schon fast die Programme aus Medientechnik I ohne eine einzige Zeile Code nachbauen. Falls noch jemand die aktuelle Version ausprobieren will oder Vorschläge und Wünsche hat, wir sind immer für Anregungen offen.

ImageFlow Screenshot

Vor zwei Wochen haben wir am Freitagnachmittag auf Arbeit auf der großen Dachteresse alle gemeinsam gegrillt. Das war auch sehr cool, denn da war noch richtiger Sommer in Luxembourg und man konnte das machen. Obwohl es jetzt nach einer Regenwoche auch wieder nach wärmeren Wetter aussieht…

Und am letzten Donnerstag haben wir einen kleinen Ausflug gemacht – wir waren im Forschungszentrum IMEC in Leuven bei Brüssel. Das ist das größte europäische Institut für Nano- und Mikroelektronik und es gibt dort einige, die wie bei CR Santec viel mit ImageJ arbeiten. Sinn des Treffens war sich gegenseitig ein paar Projekte vorzustellen und dann zu überlegen, woran man gemeinsam arbeiten und Kompetenzen bündeln könnte. Eigentlich durften Daniel und ich auch kurz unsere Projekte der letzten Wochen vorstellen, aber aus Zeitgründen ist das leider nichts geworden… Die Leute am IMEC forschen schon an ein paar außergewöhnlichen Sachen, zum Beispiel Hirnimplantate, die einzelne Zellen stimulieren können, und testen ersteinmal alles an Ratten oder lassen Nervenzellen auf Leiterplatten wachsen. Wir haben auch eine Labor-Tour gemacht und das war schon beeindruckend, man fühlt sich teilweise wie Gordon Freeman in Half-Life… Ich habe leider keine Fotos gemacht, aber bestimmt wäre mir das auch nicht überall erlaubt worden.

Damit sich unser dritter Mann im Büro, Nicolas, an diesem Tag nicht so alleine fühlt, hatte Daniel eine glorreiche Idee: Wir haben Papier-Stell-Vertreter gebastelt, die ihn die ganze Zeit beäugen.

Angestellt bin ich beim CRP Henri Tudor, einem öffentlichen Forschungszentrum benannt nach dem Erfinder Henri Tudor. Ich arbeite aber in der Abteilung CR Santec, die sich mit Gesundheitstechnologien befasst. Wir sind mit etwa 20 Mitarbeitern in einem neuen Bürogebäude am Rande der Stadt in der Nähe des Flughafens.

Ich habe bisher an zwei Projekten gearbeitet, ob es noch mehr werden, weiß ich nicht. Das erste Projekt (das ich auch schon mal erwähnt habe) ist die Weiterführung von Daniels Bachelorarbeit. Mit dem von ihm porgrammierten ImageFlow kann man ohne jegliche Programmierkenntnisse eine Abfolge von Bearbeitungsschritten für Bilder zusammen klicken und verändern. Das Ganze eigenet sich gut, um Abläufe und Ideen schnell als Prototyp umzusetzen. Wir haben hier in Luxembourg einige Bugs beseitigt und die GUI stark verbessert. Von ImageFlow kann man jetzt die erste stabile Version runterladen und das sieht dann so aus:

ImageFlow Screenshot

Das zweite Projekt, an dem ich bisher fast alleine arbeite, beschäftigt sich mit Ultraschallbildern zur Erkennung von neurologischen Erkrankungen. Seit einigen Jahren ist es möglich, brauchbare Ultraschallaufnahmen vom Gehirn des Menschen zu machen, und so kann man schnell und unkompliziert vielleicht sogar Krankheiten wie Parkinson vor dem Ausbrechen erkennen. Meine Aufgabe ist es, herauszufinden, wie man aus den Ultraschallbildern möglichst automatisch eine Diagnose erstellen kann. Mein Ergebnis sollte also in den verrauschten Ultraschallbildern die wichtigen Regionen erkennen, darin bestimmte Werte messen und an Hand derer auf den Gesundheitszustand des Patienten schließen können. Ist eine ganz spannende Sache, aktuell wird weltweit an diesem Thema mit verschiedenen Ansätzen geforscht. Ich werde bestimmt noch mal darüber schreiben…

Wie ihr seht, hat mein Praktikum im Grunde viel mit JAVA-Programmieren und Bildverarbeitung zu tun. Und das finde ich auch gut so, denn so habe ich mir das vorgestellt. Und für IMIs interessant: Hier wird viel mit ImageJ entwickelt, das sich sehr gut für medizinische Bildanalyse eignet. Jetzt, wo ich jeden Tag etwas Neues entdecke, kann ich sagen, dass wir während des Studiums an dessen Funktionsumfang nur ein wenig gekratzt haben.

Das Team hier ist übrigens sehr locker und nett. Von den gut 20 Kollegen pendeln die meisten täglich aus Deutschland, es gibt aber auch Luxemburger und Franzosen hier. Wir sprechen meistens Deutsch oder Englisch, je nach dem wer anwesend ist. Die Franzosen reden untereinander auch Französisch, aber dann verstehe ich so gut wie nichts… in den Pausen ist es trotzdem lustig. Ich sitze in einem Büro mit Daniel und Nicolas, einem Franzosen, der seine Masterarbeit über Open Source-Software im professionellen Einsatz schreibt. Hier ein paar Bilder von meiner Arbeit: